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1、特征不同
脊索动物其共同特征是在其个体发育全过程或某一时期具有脊索、背神经管和鳃裂（即脊索动物门的三大特征）。
无脊椎动物是背侧没有脊柱的动物，它们是动物的原始形式。
2、范围不同
脊索动物：尾索动物亚门，如异体住囊虫、柄海鞘。头索动物亚门，如文昌鱼；脊椎动物亚门，为此门最重要和最多的类群，包括圆口纲、软骨鱼纲、硬骨鱼纲、两栖纲、爬行纲、鸟纲和哺乳纲。
无脊椎动物包括原生动物、棘皮动物、软体动物、扁形动物、环节动物、腔肠动物、节肢动物、线形动物等。
扩展资料：
脊椎动物亚门：
（1）圆口纲（Cyclostomata）：无颌，又称无颌类（Agnatha）；无成对附肢。脊索终生存在，并出现雏形脊椎骨。
（2）甲胄鱼纲：无颌，又称无颌类（Agnatha），出现成对的鳍。脊索终身存在，并出现雏形脊椎骨。
（3）盾皮鱼纲：出现下颌骨，体表拥有骨板。
（4）软骨鱼纲（Chondrichthyes）体被盾鳞，鳃裂直接开口于体外。
（5）辐鳍鱼纲（Osteichthyes）骨骼大多为硬骨，体被硬鳞、圆鳞或栉鳞，鳃裂不直接开口于体表。
（6）棘鱼纲：背鳍、胸鳍、腹鳍和臀鳍的前端有硬棘。形体似鲨，歪形尾；胸、腹鳍发育完全，但鳍条不发育，在胸鳍和腹鳍之间有“额外”的偶鳍，或叫附加鳍；体被细小菱形鳞片，其结构似软骨硬鳞鱼；眼大，侧生，前位并有围眶骨。
背鳍一个或两个；有原始的颌，一个扩大的上颌骨与发育完善的下颌咬合，上颌无牙，下颌有牙；内骨骼已开始骨化。
（7）肉鳍鱼纲：拥有肉鳍，能够初步上陆地。
（8）两栖纲（Amphibia）：由水上陆的过渡种类，幼体鱼形，以鳃呼吸，成体出现5指（趾）型四肢，皮肤裸露，以肺和皮肤呼吸。与其他更高等脊椎动物共称为四足类（Tetrapoda）。
（9）爬行纲（Reptilia）：完全陆生。皮肤干燥，被以角质鳞、角质骨片或骨板。肺呼吸。胚胎发育中出现羊膜，与鸟类、哺乳类共称为羊膜类（Amniotes）。其他各纲脊椎动物称为无羊膜动物（Anomniotes）。
（10）鸟纲（Aves）：全身被羽，前肢变为翼，适应空中飞翔生活。血液循环为完全双循环，恒温，卵生。与哺乳类共称为恒温动物（Endotherm）。其他脊椎动物均为变温动物（Ectotherm）。
（11）哺乳纲（Mammalia）：体外被毛，恒温，胎生（单孔类除外），哺乳（具乳腺）。
百度百科-脊索动物门
百度百科-无脊椎动物
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